Tijdvak 6: 1600-1700
Na de onrustige zestiende eeuw begon Nijmegen in de zeventiende eeuw weer uit het dal omhoog te klimmen. De groei werd wel regelmatig onderbroken en Nijmegen kon niet dezelfde explosieve economische groei doormaken als andere delen van de Republiek.
Vestingstad
In 1591 werden de Spanjaarden uit Nijmegen verjaagd (de Reductie van Nijmegen). De stad hoorde nu bij de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden. Door haar ligging aan de grens speelde ze vanaf dat moment een rol bij de bescherming van de hele Republiek. Nijmegen werd een vestingstad. De regering van de Republiek onderhield en vernieuwde voortaan de verdedigingswerken, zoals fort Knodsenburg. Dit werd echter niet altijd even goed gedaan.
De pest
Vroeger waren de mensen erg bang voor de pest. Velen gingen namelijk dood aan deze besmettelijke ziekte. In 1635-1636 werd Nijmegen zwaar getroffen door de pest. Van de 10.000 inwoners stierven er 6.000.
Ontwikkeling wetenschap
Onderwijs en wetenschap werd in de zeventiende eeuw in de Republiek steeds belangrijker gevonden. In deze eeuw werd de eerste Nijmeegse universiteit opgericht. De universiteit kwam in de eerste jaren na de oprichting tot bloei maar vanaf 1665 ging het bergafwaarts. Dit kwam omdat de pest opnieuw uitbrak in Nijmegen, waardoor het aantal studenten afnam, en door een inval van de Fransen in 1672.
Vrede van Nijmegen
In 1672 bezetten de troepen van de absolute Franse vorst Lodewijk XIV een groot deel van Oost-Nederland, waaronder Nijmegen. Vanaf 1678 werd er vrede gesloten en de vredesonderhandelingen vonden plaats in Nijmegen. De Vrede van Nijmegen (1678-1679) maakte niet alleen een einde aan de jarenlange oorlog tussen Nederland en Frankrijk. Ook andere landen waren bij de strijd betrokken geweest. In 1676 kwam een grote groep onderhandelaars uit de verschillende landen in Nijmegen aan. Na lange onderhandelingen werd uiteindelijk op 11 augustus 1678 de vrede tussen Nederland en Frankrijk ondertekend. In de maanden erna volgden vredesverdragen tussen de andere landen.