In 1566 ontsnapte de Sint-Stevenskerk ternauwernood aan de Beeldenstorm. In 1579, toen de stad zich aansloot bij de Unie van Utrecht, kwam de kerk voor het eerst in protestante handen. In 1585 werd de stad weer ingenomen door de Spanjaarden en kregen de katholieken hun bevoorrechte positie in de stad weer terug. De kerk werd weer een katholieke kerk. In deze pauselijke bul van 12 juli 1586 geeft Paus Sixtus V toestemming aan bisschop Wilhelmus Lindanus van Roermond om in de periode december 1586 tot en met maart 1587 een volle aflaat te verlenen aan Nijmegenaren die vanwege vroomheid terugkeren naar de Sint-Stevenskerk. De katholieken in de stad hebben niet lang kunnen profiteren van hun bevoorrechte positie. In 1591, na de verovering van de stad door Maurits, werd de kerk weer overgenomen door de protestanten en bleef afgezien van een katholiek intermezzo tijdens de Franse bezetting van 1672 -1674, definitief protestants.
Hieronder volgt een vertaling van de bul gemaakt door de heer S.J. van Banning:
Sixtus, bisschop, dienaar van de dienaren Gods, wenst aan allen Christengelovigen, die het huidige schrijven zullen lezen, heil en de apostolische zegen toe. De ondoorgrondelijke en ontzaglijke grootte van de Voorzienigheid van de almachtige en eeuwige God heeft aan ons, al zijn we het niet waardig, opgedragen het roer van zijn kerk te besturen, en niet alleen de last opgelegd om de schapen te weiden, maar ook op een geschikte manier een spijs bereid en de verdeling daarvan aan onze zorg opgedragen, opdat wij met het voedsel van de geestelijke voedingsstoffen van de Christengelovigen, namelijk met kwijtschelding en vergeving van zonden, [hen] tot de eredienst van God en heilzame werken aanlokken, waarmee zij verdienen om de prijs van de hemelse zaligheid te verwerven. Aangezien wij daarom begeren, dat de kerk van de heilige Stephanus in de stad Nijmegen, behorend tot het bisdom Roermond, waarvoor, zoals wij hebben vernomen, onze eerbiedwaardige broeder Wilhelmus [Lindanus], de bisschop van Roermond, bijzondere gevoelens van devotie koestert, met de juiste plichtplegingen bezocht wordt en dat de Christengelovigen des te liever naar haar toestromen om er stichting te vinden, aangezien zij zullen merken dat zij nog overvloediger met de gave van de hemelse genade zullen worden gesterkt, verlenen wij met ons apostolische gezag, overeenkomstig dit schrijven, vol erbarmen in de Heer, vertrouwend op de barmhartigheid van diezelfde almachtige God en op het gezag van de heiligen Petrus en Paulus, zijn apostelen, aan alle Christengelovigen en aan ieder van hen afzonderlijk, van beiderlei kunne, die zich waarlijk bekeren en biechten en door de heilige communie gesterkt zijn, wanneer zij de voornoemde kerk, vanaf het begin van de eerste vespers van zowel het feest van die zelfde heilige Stephanus in de maand december, als ook van het feest van de Boodschap aan de Maagd Maria [op 25 maart] tot aan het ondergaan van de zon op de dag van de beide feesten, op een dusdanige devote manier zullen bezoeken en wanneer zij daar tot God gebeden zullen verrichten voor de gelukkige staat en het behoud van u zelf (waarschijnlijk bisschop Wilhelmus) en van de Romeinse paus, die er op dat moment is, en van de Apostolische Stoel en tevens voor de verheffing van de heilige Roomse kerk en van het katholieke geloof en voor de onderdrukking van haar vijanden en voor de vrede, eendracht en eenheid, die onder de christelijke vorsten bewaard dient te worden, of op een andere manier (gebeden zullen verrichten), naar gelang het bij eenieder zijn devotie doet opkomen, waarmee zij zich op de genoemde dagen op de vastgestelde tijden zullen bezighouden, een volledige aflaat voor al hun zonden en voor iedere zonde van hen in het bijzonder en de vergiffenis daarvan, en wij schenken dit voor de huidige tijd, waarbij dit zal blijven voortduren in de tijden die nog komen. Wij willen echter dat, indien aan dezelfde kerk de een of andere verschillende aflaat, die voor altijd of voor een bepaalde tijd, die nog niet afgelopen is, moet duren, door ons geschonken zou zijn, deze brief, die nu in uw handen ligt, volkomen zijn kracht verliest. Gegeven te Rome bij de Sint Pieter, in het jaar van de Incarnatie van de Heer 1586, op de twaalfde juli (de idus van Juli valt op de 15e; inclusief geteld 4 dagen tevoren geeft dit de 12e), in het tweede jaar van ons pontificaat.
